施一公等人籌辦的學校采用基金會辦學模式，政府的撥款、企業的投入、社會募捐、學費收入、學校經營收入等都進入基金會，再由基金會成立董事會，董事會校董會負責制定學校辦學重大戰略、選擇校長等核心事務。校董會作為最高決策機構，實行董事會領導下的校長負責制，校長執行董事會決定，負責學校日常管理。同時設立監事會、顧問委員會、校務委員會、學術委員會和學位委員會等，按照章程和相關規定開展活動。